世界園藝博覽會中開設藥草園是99昆明世博會的首創。藥草園把中華民族五千多年來所積累的寶貴文化遺產一-中醫藥與云南豐富多彩的藥用植物有機地結合起來，用園林的形式向國內外參觀者展示中醫藥的特色和內涵。藥草園在設計上體現了中國傳統的江南園林風格，表現出立體山水畫模式以名貴珍稀草藥、常用中藥種植為主，力求體現“棵棵是藥草，株株能治病，月月有花開，步步是景觀”的建園宗旨，并形成文化、生態和傳統園林一種景觀，緊扣“人與自然”的世博主旨。藥草園的布局分為:全國珍稀名貴藥區、云南特產藥區、常用中藥區、民族藥區、藥用花卉區等。全園種植超過430種藥草，其中珍稀名貴藥用植物有人參、三尖杉、銀杏、杜仲、紅豆杉、龍血樹等;云南特產藥用植物有三七、天麻、當歸等;常用藥用植物有厚樸、黃柏、黃連、首烏、大黃等;民族民間藥用植物有八角楓、接骨丹、倒提壺等;藥用花卉有金桂、玫瑰、月季等。

藥草園內有一幅用藥用植物拼成的太極圖圖案。中醫學吸取了《易經》和道家學說“““天為陽、地為陰”的觀點。太極圖證明了我國中醫學歷史的悠久。在圖后有一個小坡，名曰“””百藥山”，顧名思義，這里種植了上百種藥草。在“百藥山”一側是一個大型葫蘆框架，叫“藥葫蘆””。在古代，葫蘆與銅鈴是郎中的形象代表。每個葫蘆里都裝有治病的藥物，后來隨著社會的發展和時代的進步，藥葫蘆逐漸被藥箱所取代。